Αθώος λόγω αμφιβολιών κρίθηκε ο Γιάννος Παπαντωνίου, για την υπόθεση του προγράμματος εκσυγχρονισμού έξι φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού, με ανάδοχο την Ολλανδική εταιρεία Thales.
Ο Πρόεδρος του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων επεσήμανε ότι δεν υπάρχουν επαρκείς ενδείξεις ενοχής για τα αδικήματα της απιστίας και της παθητικής δωροδοκίας, ότι δηλαδή έλαβε μίζα 2,5 εκατ. Ευρώ για την σύμβαση αναβάθμισης των έξι Φρεγατών του Πολεμικού Ναυτικού και τον απήλλαξε για το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Αθώοι κρίθηκαν επίσης η γυναίκα του, Σταυρούλα Κουράκου και ο στενός του φίλος, Ανδρέας Μπάρδης.
Ο Εισαγγελέας της έδρας είχε ζητήσει την ενοχή του για τα εξοπλιστικά προγράμματα το 2003 επί θητείας του στο Υπουργείο Εθνικής Άμυνας και σύμφωνα με το κατηγορητήριο, διακινήθηκε μαύρο χρήμα.
Από την πλευρά του ο Γιάννος Παπαντωνίου ανέφερε σε δηλώσεις του αμέσως μετά την απόφαση του Δικαστηρίου:
«Με συγκίνηση δικαίωση ουσιαστική των πολιτικών μου αγώνων για μια καλύτερη Ελλάδα. Απόφαση δίκαιη που διαγραφεί την τεράστια ταλαιπωρία που υπέστη η οικογένεια μου τα τελευταία 8 χρόνια. Απόφαση που τιμά την Ελληνική Δικαιοσύνη».
